Bioinfo side project

如果有興趣要一起學生物資訊或資訊類相關的話可以跟我聯絡一起完成

概念發想

部署NASK至伺服器

都架設網站了,理論上應該可以安裝R之後可以將R shiny寫的程式部屬到網站上,供大家做線上分析

評分:3.5 分,滿分為 5。
樹莓派應用

目前想到是可以分析影像或紅外線
類似的有人有偵測乳牛體溫預測生理狀態 乳牛健康監測智慧化管理系統

還有聽過在出豬時如果可以透過影像判斷豬隻的體重那流程就會很方便

但也看過可以拿來做NAS,應該是省電到爆炸吧

評分:4 分,滿分為 5。

protAsm | proteomic assembly

Objective: 從質譜raw file開始作de novo assemlbly 或database searching 組裝出蛋白質

目前找到開源的程式為openMS

執行中

PAP | proteomic annotation pipline

目的:建立註解蛋白質序列分析流程

註解序列使用EggNOG,註解GO、KEGG,並用R 的AnnotationForge套件做成物種註解資料庫

ID轉換 以python寫,目前使用套件有mygene、biopython、kegg api 將不同格式id (entrez, accession, uniprot…)做轉換並註解功能 (GO,KEGG,reactome…),主要會學到處理爬蟲資料(xml、json)
完成部分id convert功能 (整合 mygene, uniprot id mapping and ncbi entrez)

評分:3 分,滿分為 5。

NASK改版

它是我在研究所用R shiny寫的,功能有基本的統計和註解雞和豬兩個物種的GO和KEGG功能,並繪製圖片

https://github.com/hunglin59638/nchuaslap_bioinformatic

評分:2 分,滿分為 5。

已完成

註冊網域和租用伺服器主機

這個專案在這個網站形成的時候就已完成,未來規劃是想要以WordPress再學php語法
有啥想法就再說吧

評分:2 分,滿分為 5。
BLAST database download and update

以bash寫一個腳本可以決定要下載及更新哪個資料庫,e.g. nt/nr
初版已完成,下一版功能要加上自動定期更新資料庫
https://github.com/hunglin59638/update_blastdb

評分:0.5 分,滿分為 5。

發表迴響