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中興大學研究所生物資訊課程

雖然標題這樣寫,進來的人應該已經挑選過了,

但還是再說一次,以下介紹都是給有熱於學習的人看的,

如果是想看是不是涼課的,可能給到的建議會不多。

從碩一上意外修了一門生物資訊課程之後,從此對生資起了興趣,

於是在碩士生涯中盡可能找了生資相關的課程來修。

以下會介紹這兩年我修了那些課程,以及課程大綱、收穫、建議,

主要是想寫給跟我一樣是從生物領域跨生物資訊的人看的。

由於這是107到108學年度修習的課程,可能會因為時代不同,

開課時間或是開課老師等會有所變化。


上學期:

6602 生物醫學資訊資源 生醫所 林宜玫

要入門生物資訊很好的一門課,老師會介紹生物資訊的基本觀念,像是資料庫類型、線上資源。

每週會介紹一種生物資訊分析的主題,像是查詢基因、序列比對、設計primer,讓我們知道如何自己去尋找分析工具,及如何應用。

也會一邊介紹生物的基本觀念,像是基因序列各個區域位置及功能(promoter、enhancer、CpG site…)。

每周結束後,還會出一份與當周主題相關的作業,馬上可以實作練習。

期末有一份期末報告,大綱是出一個問題,

然後以上課介紹到軟體或線上資源來解決與回答,

整個學期結束後真的獲益良多,自己收穫比較多的是對於生物資料庫(如NCBI)使用更加熟悉。

6080 生物資訊程式設計 基資所 朱彥煒

原本都是教perl,從我這屆開始,因為python變得熱門,

所以改成教python,近幾年應該也是它了。

上課內容都是來自於「精通python」這本書,

一本寫得滿詳細的工具書,後來我也有看其他python工具書,

這本是寫的中規中矩的,可以考慮真的買一本。

不用擔心沒學過,老師也是從最基本的開始教起,

純生物的人也可以學習,

每周先上兩節課,剩下時間會有課後作業練習,

然後當周結束前上傳。

期中期末考都是出幾題問題,要寫程式去解決,

還要寫成可以讓使用者輸入的程式。

老實說,雖然腦袋知道要怎麼寫,但是要寫成實際的程式還是有段距離,

所以每次我都來不及寫完…

不過當場沒寫完,可以帶回去完成後再上傳即可。

這門課給我的收穫是以資工的角度去寫程式,

以前寫程式都只是寫個腳本,可以當下解決某個問題,

但要寫一個可以給使用者使用的程式,

才算是一個完整的程式。

6061 生物資訊學之統計方法 統計所 陳淑娟

說起我對生物資訊有興趣,應該說我對資料分析有興趣,

所以對生物統計也想要了解,程式運行所使用的演算法是如何,

這樣學程式設計與生物資訊應該會更能融會貫通,

所以找到了統計所開的這門課,

但之後不一定能修到這門課了,

因為老師是在美國教書的台灣人,剛好這年是她在美國任教的大學休假,

回來台灣當訪問學者,才有機會在中興大學開課,

還是介紹一下課程內容,

主要是教序列分析相關的統計方法,像是圖論、HMM、分群,

好啦,生物人真的要上過課才能比較了解XD

上到一個段落,老師就會出作業,

約兩個禮拜後交回批改,

其實上這門課的時候很懷念,

因為老師主要是寫板書,

彷彿回到了高中數學課哈哈,

期末有個分組報告,讓我們找一個跟生物資訊相關的演算法來介紹,

也藉此可以跟組員熟絡,也認識了理工領域的同學。

就期待統計所有老師再開跟生物資訊相關的統計課程吧

下學期:

6060 使用R語言介紹生物統計 基資所 謝立青

這門課開始我學習R語言之路,要生物資訊領域就勢必要學習程式語言,

當然不一定是R,選個自己喜歡的即可,重點在於能解決問題,

別擔心學程式很難,老師會當我們是一張白紙開始教,

從安裝軟體、統計概念到寫程式,

上課模式採2-3人一組,前一個小時先上課,後面的時間,各組討論作業,

當天馬上繳交,如果遇到問題可以馬上向老師提問。

由於R已經將很多統計的程式碼寫成完整的函式了,

所以要寫的程式其實不多,簡單一兩行就可以完成與繪圖,

也是非常適合初學者入門,

有期中期末考,都是會出幾題統計問題,

可以看上課的ppt講義,

平常有跟同學積極討論的話,應該不會太困難。

6070 基因體暨資訊原理與實習 基資所 陳盈聰

老師說話風格帶有幽默與嘲諷?,不是嘲諷學生而是嘲諷學術體制XD

可以聽到很多小八卦?

前幾堂是上課,內容大致上是介紹基因體研究歷史與定序技術的演進,

接下來就是上課跟實驗穿插,

實驗就是萃取細菌DNA然後定序,我們那一屆是學Nanopore定序技術,

對這個定序技術有興趣的人真的要來修習,讚讚,

生物資訊的部分,會教如何架設工作站,也就是作業系統

常聽到的就是微軟的windows、蘋果的MacOS,

資訊界廣泛使用的工作系統則是Linux,

但老師是教freeBSD,他也是Linux系統的分支,

也是這門課對於freeBSD和終端機、命令提示字元的指令有更多了解,

題外話,想要進入生資領域就一定要學會Linux、freeBSD這種工作系統,

也許以後會再去介紹吧

架設完後會安裝定序軟體,Canu,它是一種長序列定序軟體,

定序完後,會介紹基因註解的工具,以及如何將定序結果上傳到公開資料庫。

是個很實用的一門課,搞的都好想建立一套定序系統在實驗室了…

6257 動物試驗設計實習 動科所 陳志峰

這是我的系上開設教SAS這個統計軟體的一門課,

嗯,就是教怎麼寫SAS語法的課還有動科領域常用的統計方法,

老師也是手把手帶你輸入語法,怎麼輸入資料、選擇統計方法…

但老實說現在還會使用SAS的單位應該會越來越少了,

除了藥廠、金融界吧,因為相較於R與其它開源軟體,

SAS是需要每年都付費才能授權使用的,

所以在學術期刊上,我自己發現越來越多paper的統計方法是使用R

要不要學習SAS就看個人吧,如果確定以後工作的單位規定只能用SAS,

那就乖乖地先學起來吧。

結論:

這兩年發現越來越多生物資訊相關課程出現了,

想必這也是趨勢了,

上面介紹的課程是我實際修課過的,

當然還有很多相關課程,大多落在基資所、生醫所、統計所、生技所…

其實我是從選課系統從可能有相關的系所一個一個看的,

只是受限於時間跟實力不足,無法都去,

不然其實資工所的課應該也有很大的幫助,

寫這篇也是有感於,研究所的課程比較少同學有介紹,

才寫了這篇心得給大家參考。

想入門生物資訊也別害怕這些課程對你來說太難,

我也是有種賭一搏的心態去修程式設計跟統計,

當時的我真的是一竅不通呢XD

有興趣就直接選下去,課外的時間也持續學習,

就不會覺得難度很高了,相反的還會覺得越來越有趣

這些知識最後逐漸融會貫通了。

有課程相關問題也歡迎留言跟我討論

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